Am 23. Juni 1906 wurde Wolfgang Koeppen in Greifswald geboren. Er war der uneheliche Sohn von Marie Koeppen, die als Näherin, später als Souffleuse am Greifswalder Stadttheater arbeitete. Der Vater, Dr. Reinhold Halben, war Dozent der Augenheilkunde, später Augenarzt in Berlin Charlottenburg. Zum Sohn hatte er zeitlebens keine Verbindung.

Nach dem Tod der Großmutter, in deren Haushalt Mutter und Kind lebten, ging Marie Koeppen 1908 mit ihrem Sohn nach Thorn und später nach Ortelsburg in Ostpreußen. Dort besuchte der Junge das Realgymnasium. 1919 kehrte die Familie nach Greifswald zurück. Aus finanziellen Gründen mußte der Gymnasiast auf die Mittelschule wechseln. Er verließ die Schule vorzeitig und strebte als Laufbursche einer Buchhandlung einen Lehrvertrag an, der aber nicht zustande kam.

Wolfgang Koeppen wurde vom Intendanten des Greifswalder Stadtheaters als Volontär angenommen und besuchte an der Universität auf eigene Faust Vorlesungen zur Germanistik.

1921 heuerte er in Stettin als Schiffskoch an und fuhr auf seiner einzigen Reise nach Schweden und Finnland. Mit Gelegenheitsarbeiten hielt er sich in Hamburg über Wasser, bis er 1924 am Theater in Wismar ein Engagement bekam. Sein Traum, Regie zu führen, erfüllte sich nicht, also brach er den Vertrag ab. Er ging nach Berlin, schrieb sporadisch für die Presse und arbeitete im Glühlampentestsaal der Firma Osram. Im November 1925 starb Koeppens Mutter in Greifswald an einem Hirntumor.

Am Würzburger Theater wurde Wolfgang Koeppen 1926 ein Engagement als Dramaturg und Hilfsregisseur mit Spielverpflichtung angeboten. Er setzte sich für die jüngere Dramatik, z.B. von Hans Henny Jahnn, ein, konnte sich mit seinen Vorstellungen aber nicht durchsetzen. Schon nach einer Spielzeit wechselte er nach Berlin, wo er sich dem "Dramaturgischen Kollektiv" Erwin Piscators anschloß. Koeppen lebte von Presse-Arbeit und Gelegenheitsjobs. 1931 bot ihm der Kritiker Herbert Ihering eine Redakteurstelle beim Berliner Börsen-Courier an. Neben Reportagen und Rezensionen entstanden erste literarische Arbeiten.

1933 hielt sich Koeppen für den Börsen-Courier in Paris auf und schrieb darüber für das Blatt, das noch bis zum 31.12.1933 erscheinen konnte. Koeppen wurde Mitglied der Reichsschrifttumskammer. Mit einer bescheidenen Abfindung der Zeitung und geringen Zuwendungen des Verlegers Bruno Cassierer bereiste er Italien.

1934 erschien Wolfgang Koeppens Debüt-Roman Eine unglückliche Liebe. Ein Rezensent forderte, den jungen Autor ins Arbeitslager zu stecken. Nach dem Röhm-Putsch ging er nach Holland. Dort hielt er Kontakte u.a. zu Klaus und Erika Mann. Er schrieb Texte für die Kabarettistin Sybille Schloß.

Der zweite Roman Die Mauer schwankt erschien 1935 ebenfalls bei Bruno Cassierer. Das Echo auf den Roman war vor allem auf Grund seines Erscheinens in einem jüdischen Verlag eher negativ. 1938 kehrte Koeppen, der in Holland keine Existenzgrundlage hatte, nach Deutschland zurück.

Auf Vermittlung Ernst von Salomons und des Regisseurs Paul Verhoeven schrieb Koeppen für die UFA und ab 1941 für die Bavaria-Film-Kunst. Keines seiner Drehbücher wurde verfilmt. Wegen seiner Arbeit für den Film wurde er vorerst vom Kriegsdienst zurückgestellt. 1943 wollte ihn der Chef der Bavaria als "Drückeberger" denunzieren. Als Koeppen zeitweilig in Berlin war, wurde sein Wohnhaus mit nahezu allen Bewohnern Opfer eines Bombardements. Diesen Vorfall machte er sich zunutze und tauchte unter.

In Feldafing bei München lebte er in Pension. Während dieser Zeit lernte er seine spätere Frau kennen. Marion Ulrich trat als Tänzerin auf und schrieb auch Gedichte. Unter ärmlichstenen und schwierigsten Umständen überlebte Koeppen die Zeit in Feldafing.

Nach der Kapitulation im Mai 1945 wurde Koeppen von den Alliierten zeitweilig als Hilfspolizist eingesetzt. Er und Marion schlugen sich mit dem Verkauf von Familienantiquitäten und der Vermittlung von Kunstkäufen durch. Sie heirateten 1948. Im selben Jahr erschien bei Kluger in München anonym die nach Tatsachen geschriebene Lebensgeschichte eines jüdischen Überlebenden. Jakob Littners Aufzeichnungen aus einem Erdloch blieben damals nahezu ohne Echo.

Durch den Kontakt mit dem Verleger Henry Goverts kam es um 1949 zu einem Aufschwung der literarischen Produktivität. In nur drei Monaten schrieb Wolfgang Koeppern den Roman Tauben im Gras, der 1951 bei Scherz&Goverts erschien.

In rascher Folge ging es weiter. 1953 erschien Das Treibhaus und 1954 Der Tod in Rom. Obwohl das Echo auf diese Bücher zuerst ablehnend-reserviert ausfiel, zählen die drei Romane heute zu den wichtigsten der gesamten deutschen Nachkriegsliteratur.

1955 kamen auf Vermittlung von Alfred Andersch Aufträge zu Reisebeschreibungen für den Rundfunk zustande. Koeppen reiste zunächst nach Spanien, 1956 nach Rom. 1957 folgten Reisen in die Sowjetunion, nach Warschau, Den Haag und London.

1958 bereiste Wolfgang Koeppen für acht Wochen die USA. Die erste Sammlung seiner Reisebschreibungen erschien bei Scherz&Goverts unter dem Titel Nach Rußland und anderswohin.

1959 bereiste er Frankreich. Amerikafahrt erschien. 1961 reiste er durch Griechenland. Es erschienen die Reisen nach Frankreich. 1962 erhielt Wolfgang Koeppen den Georg-Büchner-Preis der Darmstädter Akademie für Sprache und Dichtung.

In der Folgezeit erschienen nur noch wenige Bücher von Koeppens Hand. 1965 erhielt er den Literaturpreis der Bayerischen Akademie der schönen Künste, 1967 den Immermann-Preis, im Jahr 1971 den Andreas-Gryphius-Preis.

Eine Sammlung kurzer Prosa wurde 1972, nun im Suhrkamp-Verlag, unter dem Titel Romanisches Café veröffentlicht. Wolfgang Koeppen weilte 1974 als erster Stadtschreiber in Bergen-Enkheim bei Frankfurt a.M. Das autobiografische Erzählfragment Jugend, ein weiterer Höhepunkt in Koeppens Schaffen, erschien 1976.

1977 wurde Koeppen das Stipendium des Europa-Forums der Deutschen Schiller-Stiftung zuerkannt. 1981 wurden Rezensionen, Schriftstellerporträts und Essays von Koeppen in dem Band Die elenden Skribenten zusammengefaßt. 1982 folgte der Kulturelle Ehrenpreis der Landeshauptstadt München, 1983 der Arno-Schmidt-Preis.

Im Jahr 1984 starb Koeppens Frau Marion. Er erhielt den Preis der Pommerschen Landsmannschaft. Zum 80. Geburtstag erschien die sechsbändige Ausgabe der Gesammelten Werke, die von Marcel Reich-Ranicki in Zusammenarbeit mit Dagmar von Briel und Hans-Ulrich Treichel bei Suhrkamp besorgt wurde.

1985 besuchte Wolfgang Koeppen anläßlich von Lesungen in der DDR erstmals seit 53 Jahren wieder seinen Geburtsort Greifswald. 1990 wurde ihm dort die Ehrendoktorwürde der Universität verliehen. 1993 wurde er Ehrenbürger der Stadt.

Am 15. März 1996 starb Wolfgang Koeppen in einem Münchener Pflegeheim.